नेपालमा खाद्यान्न कारोवार र त्यसको आपूर्तिको संस्थागत व्यवस्था सरकारी स्तरमा तत्कालिन राणा प्रधानमन्त्री जंग बहादुरको पालामा भएको पाइन्छ । गुठी र रैकर जग्गाहरुबाट तिरो भरोका रुपमा त्यसवेला जिन्सी धाननै संकलन हुने प्रचलन थियो । संकलित धान जभी र निजामति कर्मचारीहरुका अतिरिक्त धार्मिक कार्यहरु र पाकशालामा उपलब्ध गराउनको लागि थापाथलीमा रशद गोदाम अड्डा -हाल अंचल कार्यालय रहेको स्थानको स्थापना गरी त्यसको प्रमुखमा प्रधान सेनापति रहने ब्यवस्था भएको देखिन्छ ।
वि.सं. १९९० सालको महाभूकम्पबाट पीडित जनताको राहतको लागि आवश्यक खाद्यान्न उपलब्ध गराउने कार्यमा यस अड्डाले महत्वपूर्ण भूमिका खेलेको थियो । राजधानीमा क्रमशः जनसंख्याको चापमा भएको बृद्धिले उपत्यकाको उत्पादन अपर्याप्त हुन जाने देखिएकोले खाद्यान्न अभाव हुन नदिन मेचीदेखि बाँके सम्मका तराई क्षेत्रहरुबाट प्रति वर्ष २ हजार मन चामल झिकाउने ब्यवस्था मिलाइएको थियो । राजधानी प्रतिको मोह र आकर्षण  बसाई सराई निरन्तरताले गर्दा जनसंख्याको चापमा हुन गएको बृद्धिले गर्दा तत्कालिन खाद्यान्न आपूर्तिको सरकारी प्रयासहरु अपर्याप्त भएको महशुस गरी तत्कालिन रशद गोदाम अड्डाको संरचनामा फेरबदल गरी २००५ सालमा सेनाको नियन्त्रणमा हाल नयां सडक स्थित विशालबजार रहेको ठाँउमा धान कुटानी विक्री विभागमा रुपान्तरण गरी नयाँ ढंगबाट काम गर्ने प्रयास भएको थियो । तराईका जिल्लाहरुबाट आउने धान र उपत्यका मै संकलन हुने धान समेत संकलन गरी यस विभागबाट कुटानी गराउने ब्यवस्था मिलाइएको थियो । काठमाडौंमा सेना र निजामति कर्मचारीहरुलाई साप्ताहिक रुपमा कुपन जारी गरी चामल उपलब्ध गराउने ब्यवस्था समेत यस बिभागबाट भएको थियो । यसको अतिरिक्त हनुमान ढोका र रानीपोखरीको तत्कालिन हात्ती पाटीबाट र्सवसाधारणलाई समेत खाद्यान्न उपलब्ध गराउने गरिएको थियो । सर्वसाधारणको सुविधा र सर्वसुलभतालाई दृष्टिगत गरी विभिन्न ठाउँमा डिलरसीपको पनि ब्यवस्था गरेको पाइन्छ । २००७ सालको राजनैतिक परिवर्तन पश्चात् सैनिक नियन्त्रणबाट मुक्त प्रशासकीय नियम अर्न्तगत निजामति कर्मचारी मार्फत संचालन गर्ने गरी तत्कालिन धान कुटानी विक्री बिभाग र रशद गोदामलाई एकीकृत गरी सदर धानगोदाम नामाकरण गरियो । खाद्यान्न आपूर्ति ब्यवस्थालाई प्रभावकारी एवं जनमुखी बनाउने प्रयास स्वरुप २००८ सालमा सदर धानगोदामलाई प्रादेशिक खाद्य नियन्त्रण अड्डा नामाकरण गरियो । हप्तामा एक व्यक्तिलाई रु.१०।- मा नबढाई टोल रक्षा संघ मार्फत खाद्यान्न विक्री गर्ने कार्यलाई फराकिलो पार्ने बन्दोवस्त मिलाइयो । २००९ साल तिर उपत्यकाका तीनवटै शहरहरुमा किनेर खानु पर्ने ब्यक्तिहरुको लगत लिई त्यस्ता ब्यक्तिहरुलाई खाद्यान्न उपलब्ध गराउने नीति पनि अवलम्बन गरिएको थियो ।
सदर धानगोदाममा रहेका ३२ वटा गोदाम मध्ये २८ वटा गोदामहरुमा ढिकीयारा संकलित धान कुटानी गर्ने ब्यवस्था थियो । राजधानीको जनसंख्या बृद्धिले खाद्यान्नको माग पनि वर्षेनी बढ्ने गर्दा र सामाजिक ढांचामा आएको परिवर्तनले साविकको आपूर्ति व्यवस्था अपर्याप्त महशुस हुन गएकोले २०१३ सालमा प्रादेशिक खाद्य नियन्त्रण अड्डाको नाम परिवर्तन गरी खाद्य संचय बिक्री बिभाग रहन गयो । साविकमा खाद्यान्न बिक्री गर्ने तर्फमात्र सोचिएकोमा यसपछि खाद्यान्न संचयतर्फध्यान केन्द्रित गरी देशका विभिन्न ठाउञमा धरमभकारी निर्माण गरी खाद्यान्न भण्डारण गरेको देखिन्छ ।
मुलुकको आवश्यकता र घटनाक्रमले खाद्यान्न आपूर्ति गर्ने संस्थाको नाम परिवर्तन हुँदै आएको छ । खाद्यान्नको उत्पादनमा असर परेको समयमा सुदृढीकरणका प्रयासहरु भएका छन् । यसै क्रममा २०१८ सालमा खाद्यान्न संचय बिक्री बिभाग बिघटन गरी उपत्यका खाद्यान्न बन्दोवस्त समिति गठन गरियो । २०१९ सालदेखि चीनको स्वशासित क्षेत्र तिव्बतबाट बडा दशैंको अवसरमा भेंडाच्यांग्रा आयात गरी खुलारुपमा सर्वसाधारणलाई उपलब्ध गराउने काम पनि यसै मार्फत थालनी गरियो । यथेष्ट र उपयुक्त संचय भण्डारको अभावले नियमित र भरपर्दो आपूर्तिको समुचित ब्यवस्था भने हुन सकेको थिएन । राजधानीमा मात्र खाद्यान्न आपूर्ति गर्ने तर्फ ध्यान केन्द्रित रहने गरेकोमा २०१८ सालतिर मोफसलको समस्या गंभीर हुँदै आएको र अतिबृष्टि, भूःस्खलन आदिबाट पहाडी जिल्लाहरु बढी प्रभावित भएकोले सो समस्या समाधान गर्न छुटै निकायको आवश्यकता महशुस हुन गई देशभर मै आपूर्ति ब्यवस्था मिलाउन २०२१ सालमा संस्थान ऐन २०२१ अन्तरगत खाद्य ब्यवस्था संस्थानको गठन भयो र साविकको सम्पत्ति, जग्गा जमीन र दायित्व खाद्य ब्यवस्था संस्थान कै जिम्मेवारीमा सारिएको थियो । वि.सं.२०२९ सालमा भएको अतिबृष्टि र अनाबृष्टिले गर्दा खाद्यान्न अभावको जटील समस्या देखा पर्न गयो भने कृषि उत्पादन अकल्पनीय ढंगले ह्रास आयो । कृषि उत्पादन बृद्धि र खाद्यान्न आपूर्ति कार्यक्रमलाई संगसंगै समन्वयात्मक ढंगले विकसित एवं ब्यवस्थित गर्न आवश्यक देखी सरकारले तत्कालिन खाद्य ब्यवस्था संस्थान र कृषि सप्लाई संस्थानलाई गाभेर कृषि खरिद बिक्री संस्थान खडा गरिएको थियो । यसले कृषि उत्पादन बढाउन आवश्यक पर्ने उन्नत बिउ, मलखाद र औजार समुचित सहुलियत उत्पादक किसानलाई उपलब्ध गराउने र उनीहरुको उत्पादन खरिद गरी खाद्यान्न अभाव क्षेत्रमा ब्यवस्थित आपूर्ति र परिचालन गर्ने मुलभूत उद्देश्य रहेको थियो । दुइवर्षसम्म समन्वयात्मक प्रयास जारी रहे पनि कृषि उत्पादनमा सघाउने र खाद्यान्न आपूर्ति गर्ने जस्ता बृहद एवं संबेदनशील जिम्मेवारी एउटै संस्थानबाट गराउनु भन्दा दुइ भिन्न प्रकृतिका काम पृथक पृथक दायित्वका साथ छुटै संस्थानबाट गराउनु उपयुक्त देखी कृषि खरिद विक्री संस्थानलाई दुइ स्वरुपमा विभक्त गरी खाद्यान्न आपूर्तिको समुचित जिम्मेवारी दिन २०३१ साल मार्ग १७ गते नेपाल खाद्य संस्थान खडा गरिएको हो ।यसरी खाद्यान्न आपूर्ति ब्यवस्थामा रहँदै आएको सरकारी संलग्नताले जनताप्रतिको संबेदनशीलता र महत्वलाई पुष्टि गर्दछ ।

संस्थानको स्थापना : देशको भूःवनौटका कारणबाट देखिएको असमान खाद्यान्न उत्पादनले गर्दा माग र बितरणमा देखिएको असहजता र ठूलो अन्तरलाई ब्यवस्थित गरी सर्वसाधारण जनताको खाद्यान्न माथिको पहुँच र अधिकारलाई प्रत्याभूत गर्दै खाद्यान्न मागलाई परिपूर्ति गर्न नेपाल सरकारको पूर्ण स्वामित्वमा संस्थान ऐन २०२१ अन्तरगत स्थापित यो संस्थान  आपूर्ति मन्त्रालय अन्तर्गत सरकारद्वारा गठीत संचालक समितिको रेखदेख तथा नियन्त्रणमा संचालित छ ।